黑枸杞买回来后不好好存放，过段时间就有可能变潮、变得更黑，黑枸杞的含糖量比红枸杞要低很多，黑枸杞受潮不容易变质，因此，受潮的黑枸杞重新晒干后还可以吃的。黑枸杞含有枸杞多糖，极易吸潮泛油、发霉和虫蛀；而且其成分的色质也极不稳定，受潮极容易变色，造成花青素流失，影响功效，是中药材中较难保存的品种。如果单纯的搁置很难使之妥善保管，达到防潮、防蛀、防闷热的目的，所以妥善保管很重要。
烘烤
天气雨水多，光照少，空气湿度大，易用此法。但这个方法比较麻烦，因为对温度的掌控要把握好（60度左右），建议选择烤箱。烤干后也要及时装袋，避免返潮。枸杞子烤干后要及时扣盘、装袋，否则会因小烤房内温度过高，把枸杞子“烧焦”。
晾晒
（1）、选择一个好天气，日出后即可晾晒果实，将黑枸杞薄薄的平铺开，放在干爽通风且日照好的地方，但不宜暴晒。先有弱光低温逐渐至强光高温，让它慢慢风晒干。
（2）、黑枸杞晒干后要及时装入袋中，要用双层袋，装袋时间要选择在下午四、五点钟，此时，阳光充足，潮气比较小，黑枸杞不易返潮，装袋后应立即把袋子口扎死。春夏季节，日光充足，空气湿度小，易用此法
（3）、要注意的是在黑枸杞在晾晒过程中，翻动后果肉受伤，晒干后即变黑。因此，枸杞子摊晾后，中间不宜翻动，直至晾干后才能收集。
（4）、枸杞子晒干后要及时装入袋中，要用双层袋，装袋时间要选择在下午四、五点钟，此时，阳光充足，潮气比较小，枸杞子不易返潮。装袋后应立即把袋子口扎死。
有的黑枸杞受潮后是会霉变的，这些霉变了的枸杞要挑出来扔掉。将霉变的黑枸杞置于圆簸箕中，双手将结块者搓散，弃去严重变质者，喷淋适量白酒，湿润表面白斑处，双手搓除斑，反复多次，直至无斑。然后用微火焙干，并常用手轻搓翻动，使之散发水汽，出锅过筛，然后密封保存。
黑枸杞不受潮的保存方式
将黑枸杞置于冰箱或其他的冷藏设备中0~4℃保存，最简单的贮藏方法就是冷藏了，可以放两年左右。尤其是南方气候湿润，湿度大，日常存放枸杞，可以把枸杞封装好，冷藏放在冰箱里边，这样最好保存方式！此外也可以干燥后真空保存， 在塑料袋中放入装有生石灰的小麻袋，然后将黑枸杞放入塑料袋中，烤封塑料袋口，抽出袋内空气，置阴凉处贮存。应用此法，需随时检查，防止漏气。另外，石灰不可过多，应视黑枸杞含水量和其他情况而定。