不同产地、不同年份、不同采收季节的铁皮石斛，功效确有差异。据铁皮石斛种植专家介绍，铁皮石斛采收过早鲜条有苦味，采收过晚则有酸味，这是因为铁皮石斛内的有机物种类对口感的影响较大，三年条在11月中旬以后石斛多糖含量达到巅峰，此时的铁皮石斛口感好，药效强。
铁皮石斛虽然一年四季都能采摘，但是必须要在一个合适的时间段里采摘其价值才会最高。铁皮石斛春季发芽，夏季生长，10月即封项不再生长，冬季铁皮石斛的生长几乎停止。确定铁皮石斛的较佳采收期为每年11月至第二年3月为佳。这是因为这个时期的铁皮石斛内光合作用的效果不是很强，富含的氨基酸、维生素和多糖都处于一年中最高，这些药用成分堆积在茎条内，这个时候采摘的铁皮石斛茎杆是最合适药用的，它们所具有的药效会比其他时间段里采摘的效果好。(也有浙江本地的专家认为，每年1月至5月底采收的石斛鲜条有效含量高，口感较好。)
此外，铁皮石斛花的采摘也有讲究。铁皮石斛花会在每年的5月到6月份盛开，药用价值较高，而其采摘时间必须严格要求，采摘早了就会达不到药效，采摘晚了铁皮石斛花会烂掉。一般来说，铁皮石斛花苞打开后，第二天盛开时即采下烘干为好。